A、不同物种之间产生生殖隔离的根本原因是种群基因库差异导致种群之间不能进行基因交流，A正确；B、新物种的形成可以不经过地理隔离而直接出现生殖隔离，如植物多倍体的形成，B错误；C、长期的地理隔离有可能导致生殖隔离，C错误；D、地理隔离也可以导致种群之间不能进行基因交流，D错误．故选：A．
