A、不同物种之间存在生殖隔离，A正确；B、隔离阻止了种群间的基因交流，B正确；C、种群基因库的差异是产生生殖隔离的根本原因，C错误；D、并非所有新物种的形成都必须经过长期的地理隔离，如多倍体育种形成的三倍体无籽西瓜是新物种，但没有经过长期的地理隔离，D正确．故选：C．
