A、生殖隔离和地理隔离都能阻止种群间的基因交流，A错误；B、新物种的形成大多数都要经过长期的地理隔离，但像多倍体生物的形成就不需要地理隔离，B错误；C、地理隔离不一定导致生殖隔离，C错误；D、产生生殖隔离的根本原因是种群基因库之间出现差异，D正确．故选：D．
