A、物种形成的标志是产生生殖隔离，故隔离是物种形成的必要条件，A正确；B、种群基因频率的变化意味着生物的进化，不一定有新物种的产生，B错误；C、研究物种间的差异，关键是研究它们的形态结构以及生理特征的区别，C错误；D、生物进化的方向取决于自然选择，生物变异是不定向的，D错误．故选：A．
