种子繁殖的优点是种子能耐受较恶劣的环境条件而较长时期保持活力，到环境条件适宜的时候再萌发生长，这就有利于植物物种在环境趋于恶化时的保存和繁衍。和无性繁殖相比，种子繁殖的缺点是容易受到杂交影响而不易保持品系的特点，例如西瓜，如果没有特殊的技术手段保持种子特性，两三年品种就会退化。但是易受杂交影响也可以成为一个优势，用于培育新品种。
