1. 管理体制不同。审计署特派办是直属国家审计署；审计署业务司局是直属地方政府管理。
2.审计范围不同。审计署特派办在全国范围内都可以审查；审计署业务司只是在地方范围内审查。
3.审计署特派办是属于国家公务员，福利待遇由财政部发，审计署业务司属于地方公务员，工资由地方财政发。
特派办负责在其管辖范围内的中央各部委下属单位的审计。
主要是,海关,国税,财专办,烟草,电力,银行,大学等.还包括中央投资的建设项目,中央财政担保的世界银行贷款项目。
中央财政转移支付资金使用情况的审计，也要承担审计署交办的其他任务.
地方审计厅局负责地方所属单位的审计，特派办在该地审计时,必要时要配合。
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