分公司没有营业执照明显就不能和你签合同(没注册连公章的没有,你签的什么合同呢?)。这种被申诉人只能是总公司。。仲裁归属地,劳动履行地优先。。。也可在总公司注册地。。。分公司没有营业执照,不能在本地申请仲裁,除非劳动履行地就是你指的本地。
你看一下你签合同的是谁,是谁告谁。