在工伤赔偿时，还需要在一次性伤残医疗补助金里扣除住院院时所发费的治疗费吗？

不需要。一次性伤残医疗补助金是对你因公受伤并解除与单位的劳动关系的补偿，与医疗费没有关系。

不能扣！伤残医疗补助金和医疗费是两回事！

工伤认定和伤残等级鉴定以后，分别支付工伤待遇和伤残待遇：
工伤医疗待遇
1.医疗、康复和辅助器具费用：政策规定范围内的实报实销
2.伙食、交通、食宿费：根据各省《**省工伤保险条例》规定实施
3.工资、福利及护理费：停工留薪期内原工资福利不变，停工留薪期不超过12个月，特殊情况经鉴定后，延长期不超过12个月。生活不能自理的，护理费由单位负责
工伤伤残待遇
1.护理费：评定伤残等级和护理等级后，按生活完全不能自理、生活大部分能自理，生活部分不能自理三个等级，支付上年度职工月平均工资的50%、40%、30%
2.伤残津贴：1级—4级分别按本人工资的90%、85%、80%、75%发给；5级—6级分别按本人工资的70%、60%发给
3.一次性伤残补助金：1级—10级分别按本人工资的27个月、25个月、23个月、21个月、18个月、16个月、13个月、11个月、9个月、7个月发给
4.一次性就业补助金一次性工伤医疗补助金（和用人单位解除劳动关系时）：5级—10级伤残，与用人单位解除或者终止劳动关系时，用人单位支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金，具体根据《**省工伤保险条例》规定实施

以上项目都是独立的，不相冲突。
关于伤残待遇中提到的本人工资，规定是这样的：是指工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资。本人工资高于统筹地区职工平均工资300%的，按照统筹地区职工平均工资的300%计算；本人工资低于统筹地区职工平均工资60%的，按照统筹地区职工平均工资的60%计算。
缴费工资是应得工资（包括加班费、各种补贴等），不是实得工资。停工留薪期的工资发放不是按照这个来的。停工留薪期以医院出具的休假单为准。
具体细节还可以咨询当地社保局12333