A、根据培养皿中菌落数只能估算样品中含有的活菌数目，A错误；B、外源DNA必须位于重组质粒的启动子和终止子之间才能表达，而复制需要有复制原点，B错误；C、重组质粒与探针能进行分子杂交是因为DNA分子的碱基互补配对原则，C错误；D、放射自显影结果可以显示原培养皿中含有特定DNA的细菌菌落位置，因为菌落附着在膜上的位置是固定的，放射自显影后可以一一对应起来，D正确．故选：D．
