浮游植物的主要种类是硅藻，以努贝西岛附近为最多。其次是甲藻和颗石藻，后者多分布于海峡的南北两端。浮游动物的生物量，7-9月一般不超过10毫升/米（以0-200米垂直网每平方米计算），10-11月海峡中部和西北部为10-20毫升/米。主要种类有挠足类和端足类甲壳动物、磷虾、有壳翼足类和腹足类软体动物。底栖生物的生物量，北部多于南部，各为15-20和3-5克/米。莫桑比克海峡全为远洋性鱼类渔场，东北部为近岸鱼类渔场。金枪鱼产量为印度洋最高产区之一。
在赞比西河口附近陆架上,表层沉积物含3%的重矿物,砂矿中含1.4%的低质钛。马达加斯加的西岸中部和西南近海还有磷盐岩和石油。
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