A、自然选择过程中，直接受选择的是表现型，A错误；B、物种是生物分类学的基本单位，指的是同一种生物．种群指在一定时间内占据一定空间的同种生物的所有个体，B正确；C、生物进化的实质是种群基因频率的改变，C正确；D、隔离是新物种形成的必要条件，D正确．故选：A．
