蛋白电泳所用的丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺单体都是有毒性的，理论上说，配制成凝胶后形成的聚丙烯酰胺凝胶但是安全的，直接用手碰触也没有关系。
但是即使是交联好的凝胶也不能保证没有任何单体分子的存在，因此，还是要注意防护。
所以在配置凝胶储备液的时候要戴手套，最好也戴口罩，在制胶时也应有手套保护防止皮肤接触。工作台及时清理，在实验室穿着实验服也是必要的。
大量的动物试验研究表明丙烯酰胺主要引起神经毒性；此外，为生殖、发育毒性。神经毒性作用主要为周围神经退行性变化和脑中涉及学习、记忆和其他认知功能部位的退行性变；生殖毒性作用表现为雄性大鼠精子数目和活力下降及形态改变和生育能力下降。
甲叉双丙烯酰胺，是强烈的神经毒素，对末稍神经系统有很强的破坏性。如果长时间在高浓度的丙烯酰胺环境下工作，会有手指颤动等症状。
另外在配胶中使用的过硫酸铵也有一定毒性，对皮肤粘膜有刺激性和腐蚀性。吸入后引起、喉炎、气短和咳嗽等。眼、皮肤接触可引起强烈刺激、疼痛甚至灼伤。口服引起腹痛、恶心和呕吐。长期皮肤接触可引起变应性皮炎。
TEMED对粘膜和上呼吸道组织及皮肤有很大的破坏作用：强神经毒性。
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