A、DNA分子复制过程会发生碱基互补配对，A错误；B、脱水缩合是指一个氨基酸分子的羧基和另一个氨基酸分子的氨基相连接，同时脱出一分子水，该过程不会发生碱基互补配对，B正确；C、DNA转录过程会发生碱基互补配对，C错误；D、逆转录过程会发生碱基互补配对，D错误．故选：B．
