解释如下
But that is not always the case because （deep down lies an inner conscience which knows how to separate right from wrong.）
但这并非总是如此，因为内心深处有一种内心的良知，知道如何分清是非。
这句的原因状语从句里内套了一个倒装的主谓结构。
见括号内。其正常结构为
an inner conscience which knows how to separate right from wrong lies deep down
一个知道如何区分是非的内心良知在于内心深处。
明显倒装后结构简洁。
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