我觉得有两层原因，第一层也就是普遍的观点，商鞅变法手段酷烈，得罪了包括当时还是太子嬴泗的惠王本人在内的基本全体贵族和公族，基本成了政治公敌，当时有孝公支持，没人动他，他自己也不给自己留后路，凡事不留余地，这样恨他的人就更多了，可以说他是自己作死，被车裂灭族是难免了。但细心分析一下就发现，同时代的吴起变法，吴起也是在楚悼王去世后被追杀刺死于悼王遗体前，可以说这两个变法结局一样。但仔细一想，楚肃王和秦惠王还是有不同的，肃王为吴起平反，灭杀豪强贵族，却否定了吴起变法。而惠王车裂商鞅却全盘接收了商鞅变法。
这就是大秦帝国上呈现的第二种说法，惠王也许并不想杀商鞅，雄才大略的他不会因为私忿，更可能是政治上的原因，所以商鞅最后的罪名才是最常见的欲加之罪谋逆，惠王只是借车裂商鞅稳固刚刚到手的帝位，安抚蠢蠢欲动的贵族，从而赢取他稳固政权的时间罢了。
因为商鞅的变法虽然说是让秦国的国力大大增强，但是却触犯了秦国国内不少贵族的利益，遭到他们的打击报复和强烈反对，在秦孝公去世之后，商鞅失去了有力的支持者和保护者，在这些贵族的反对下，商鞅被车裂而死。
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