A、同一物种的不同种群间不存在生殖隔离，只是因为地理隔离阻碍了基因交流，若没有地理隔离，同一物种的不同种群仍可完成基因交流，A正确；
B、种群基因频率的改变达到生殖隔离，则进化为不同的物种，故物种2与物种1相比一定发生了基因频率的改变，B正确；
C、由地理隔离达到生殖隔离，是物种形成的常见形式，但不是惟一形式，物种形成的必要条件是生殖隔离，C错误；
D、生物进化的实质是种群基因频率发生改变，故种群1和种群2都发生了进化，D正确．
故选：C．
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