（1）图1中甲是叶绿体，乙是线粒体，线粒体是通过内膜向内凹陷成嵴来增加膜面积．
（2）“⑥→⑤→⑥”是光合作用中的暗反应，暗反应的进行需光反应为其提供ATP和[H]，如果长时间黑暗，光反应无法进行，暗反应也会随之停止．
（3）①能产生ATP的细胞器只有线粒体和叶绿体，图2中A点光照强度为0，此时细胞只能进行呼吸作用而不能进行光合作用，所以产生ATP的是线粒体；S1表示O-B之间消耗的有机物的量，S2表示B-D之间有机物的净积累量．
②处于D点时光合作用大于呼吸作用，图1中的物质⑦是O2，除了被线粒体利用进行呼吸外，还有部分释放到细胞外．D点以后已经达到光饱和点，因此光照强度不再是限制因素，限制光合作用强度继续上升的主要环境因素是二氧化碳浓度．
故答案为：
（1）内膜 嵴
（2）不能 缺少光反应提供的ATP和[H]
（3）①乙（线粒体） S2②细胞外（外界、大气） 二氧化碳浓度
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