飞蠓80防空导弹主要作战系统由指挥搜索系统、发射制导系统组成。指挥搜索系统主要由脉冲多普勒雷达、数据处理及显示系统、车间数据传输和话务系统、无线通讯器和敌我识别器,其主要功能是接受作战命令,独立完成对目标的搜索、捕获、敌我识别,经危险度判别后,通过数据传输系统把目标分配给发射制导系统。
发射制导系统主要包括Ku波段单脉冲、电视跟踪系统、红外位标器、数据及显示处理系统、车间数据和话务系统、四联装导弹发射架、导弹顺序器等。其功能是接受搜索系统送来的目标指示数据,对所指定的目标进行捕获、跟踪,适时发射导弹,由红外位标器进行初制导,导弹被引入雷达主波束后为雷达制导,直至把导弹引向目标。