A、生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合属于基因重组，故A正确；B、减数分裂四分体时期，由于同源染色体的非姐妹染色单体之间的局部交换，可导致基因重组，故B正确；C、一个基因型为Aa的植物体自交产生aa的子代，出现性状分离，实质是等位基因分离，故C错误；D、一般情况下，水稻花药经过减数分裂形成配子，可发生基因重组，而根尖进行有丝分裂则不能，故正确．故选：C．
