第1集 标题：伪りの平和 C.E.70年，追求政治经济独立的PLANT以“染血的情人节”事件为契机，与地球联合之间正式爆发了武装冲突。拥有MS的ZAFT军在各地都对联合军取得了压倒性的胜利，使得各方原先“地球军将会以数量优势取得胜利”的预测彻底落空了。11个月过去了，战局依然呈现胶着状态。 基拉大和是在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上生活的一名普通的工业专科学校的学生。某一天，在前往研究室的时候，基拉被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。 利用突袭所产生的混乱，ZAFT军很快夺取了5架高达中的3架。此时，正在寻找避难场所的基拉偶然发现了剩下的两架高达，而前来夺取高达的ZAFT军人之一，竟是他幼时的好友阿斯兰·萨拉。 第2集 标题：その名はガンダム 基拉与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。负伤的玛琉无法操作强袭高达，危急时刻，基拉代替玛琉开始驾驶强袭高达，并修正了高达的操作系统。潜在能力被解放出来的强袭高达轻而易举地击破了ZAFT军的MS。然而，危机解除后，基拉和他的朋友们却被玛琉以涉及军事机密而“挟持”。 同一时刻，前来接收高达的大天使号的残余人员在娜塔尔少尉的带领下，启动了大天使号；得知消息的穆也回到了赫利奥波利斯的内部对大天使号进行援护。大天使号与ZAFT军就在殖民地卫星的内部展开了激战。 第3集 标题：崩壊の大地 在与ZAFT军的拉乌激战的时候，基拉驾驶强袭高达将赫利奥波利斯的壁轰开了一个大洞。惊讶于强袭高达的威力的拉乌选择了撤退。 吉良等人登上了大天使号。正当众人惊诧于驾驶强袭高达的基拉只是个孩子的时候，穆看出了基拉是调整者。 感觉到高达的威胁的拉乌选择了再度攻击大天使号，阿斯兰也驾驶着刚强夺来的圣盾高达随队一同出击。 由于操作系统被基拉修改过，其他人根本无法驾驶强袭高达。随着敌人的临近，已决定不再驾驶高达的基拉不得不再度出击。 基拉与阿斯兰，曾经的朋友在战场上再次相逢。激烈的战斗中，早已伤痕累累的赫利奥波利斯开始解体。 第4集 标题：サイレントラン 带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，基拉回到了大天使号上，吉良等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞；但这个行动被拉乌识破，并针对大天使号的路线立下了行动方案。 作为友人，阿斯兰一心希望基拉能回到调整者这边来，因此对于拉乌的质问，他的回答是将说服基拉。 被识破计划的大天使号遭到拉乌队的夹击。为了减轻基拉的负担，多尔等人志愿来到舰桥协助玛琉等人工作。被朋友们的行动及穆的言语所触动的基拉，决定继续驾驶强袭高达作战。 第5集 标题：フェイズシフトダウン 在强袭高达面前出现的是被夺走的四架高达。混战中，先行出击的穆出其不意地袭击了ZAFT军的威萨利乌斯号，但伊扎克和迪亚克无视撤退命令，继续攻击基拉。能量消耗严重的强袭高达解除了相转移装甲，危急中，圣盾高达变形为MA形态强行将强袭高达带走。在穆的援护下，强袭高达利用换装补充了能量，艰苦地将伊扎克等人击退。 第6集 标题：消えるガンダム 艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特弥斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。虽然同在地球联合内，但玛琉等人所属的是大西洋联邦，而阿尔特弥斯要塞则是欧亚联邦的势力范围。想要获取高达的机密的阿尔特弥斯要塞司令加尔西亚软禁了大天使号上的成员。 克鲁泽队的尼科尔利用自己驾驶的迅雷高达特有的“海市蜃楼系统”破坏了阿尔特弥斯要塞的全周围光波防御带发生系统，基拉趁隙驾驶强袭高达出来迎战。但决战高达及暴风高达此时已开始对要塞展开攻击。在大天使号逃离之后，曾经夸称“难攻不落”的阿尔特弥斯要塞开始崩坏。 第7集 标题：宇宙の伤迹 利用ZAFT军攻击阿尔特弥斯要塞的间隙，大天使号暂时逃离了克鲁泽队的攻击。然而舰内却出现了物资严重不足的新情况，为了解决这一问题，穆提出了利用位于碎石带上的废弃舰船上的物资的方案。 另一方面，返回PLANT述职的拉乌和阿斯兰，在国防委员长帕特利克·萨拉的指使下片面陈述了赫利奥波利斯事件。PLANT最高评议会内，强硬派势力开始抬头。 为从“尤尼乌斯7”的残骸中搬运物资的多尔等人担当哨戒任务的吉良遭遇了一架侦察型金。为了保护多尔等人，吉良将侦察型金击毁。在现场还发现了一艘救生舱，基拉将其带回到大天使号上。 第8集 标题：敌军の歌姫 在救生舱里的人是PLANT最高评议会议长西格尔·克莱恩的女儿、阿斯兰的未婚妻拉克丝·克莱恩。天真烂漫的拉克丝即使在敌对方的大天使号上也没有丝毫的不安感，而对拉克丝抱有敌意的也仅有芙蕾一人。 作为拉克丝的未婚夫，在威萨利乌斯号的维修期间进行短暂休整的阿斯兰因拉克丝失踪一事被紧急随队派往碎石带进行搜索。而此时的大天使号，也与第八舰队的先遣队联系上了。 第9集 标题：消えていく光 盼望已久的救援即将到来的消息使大天使号舰内一片轻松。芙蕾的父亲，地球联合外务次官乔治·阿尔斯塔也随先遣队一同前来。但就在两方汇合之际，克鲁泽队对先遣队和大天使号发动了攻击。 芙蕾劫持了处于被软禁状态的拉克丝来到舰桥上，希望以拉克丝为质换得父亲的安全，但就在此时乔治·阿尔斯塔所乘坐的“蒙哥马利”号被击沉。在先遣队全灭、大天使号也岌岌可危的情况下，娜塔尔以拉克丝为人质，对克鲁泽队通讯，要求停火。 第10集 标题：分たれた道 因顾忌到拉克丝的人身安全，克鲁泽队停止了对大天使号的攻击。芙蕾将父亲的死归咎于基拉不肯全力作战。 基拉与被软禁的拉克丝相遇，言谈之中自然而然地回忆起了阿斯兰。得知两人关系的基拉决意将拉克丝送回PLANT。通过塞等人的帮助，基拉驾驶着强袭高达将拉克丝还给了阿斯兰。真正的诀别之后，被命运捉弄的两人走上了截然不同的道路。 第11集 标题：目覚める刃 为了完成和朋友们的约定，基拉回到了大天使号上，并就私自放走拉克丝一事而受审。因其并非正式军人，所以仅仅被要求反省便算完事。 芙蕾听到夺走父亲生命的圣盾高达的驾驶员竟是基拉的好朋友，但她一反常态，为自己先前的表现向基拉道了歉，并开始主动接近基拉。 第12集 标题：フレイの选択 大天使号终于与地球联合军的第八舰队汇合了。玛琉就基拉为保护大天使号所做的一切而向其道谢。第八舰队的哈尔巴顿提督亲自来到大天使号上与老部下玛琉见面，然后命令大天使号前往位于阿拉斯加的地球联合军的本部。其间，娜塔尔关于强行留下基拉的主张被哈尔巴顿驳回。 塞等人从娜塔尔那里收到了退伍许可证，然而此时芙蕾却突然提出志愿参军。吃惊的塞等人撕掉了自己的退伍许可证，决心留在大天使号上尽一分力。 在脱出用舰船前，朋友们将基拉的退伍许可证给了他，并且告之自己决心留下来。此时警报声响起，总合了战力的克鲁泽队再度全力袭来。基拉的脑海中浮现起玛琉、哈尔巴顿以及避难的小女孩的话，放弃了自己的退伍许可证，回到强袭高达上待机。 第13集 标题：宇宙に降る星 位于地球轨道上的第八舰队开始了与克鲁泽队壮绝的会战。在数量上占绝对优势的联合军舰队被拥有4架高达的克鲁泽队打得毫无还手之力。大天使号紧急向地球降落，为了守护大天使号，基拉决定出击。在掩护大天使号的同时，哈尔巴顿提督所在的旗舰与ZAFT军的卡莫夫舰同归于尽。 战斗中，一直以来所保护的难民们所乘坐的救生船就在基拉的眼前被击毁。以第八舰队的重大牺牲为代价，大天使号终于降落到地球上。 第14集 标题：果てしなき时の中で 在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。 乔治·格雷恩是在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，因此无论是智力还是身体，他都比一般人更加优秀，所取得的成就也令普通人望尘莫及。在乘坐自行设计的宇宙船执行木星探测任务的时候，乔治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着调整者的逐渐增多，其与自然人的冲突也愈演愈烈，乔治·格雷恩本人也死于自然人的暗杀。 第15集 标题：それぞれの孤独 为了救起在突入大气圈时因与决战高达战斗而偏离了降落轨道的强袭高达，大天使号不得不修正了自己的航向，降落在位于ZAFT军势力范围之内的非洲。 得救的基拉由于战斗及突入大气层时所受的伤害而发起了高热。芙蕾意外地承担起了照顾基拉的责任。受到严重刺激的基拉在芙蕾的安慰下，精神渐渐地平复下来，两人的距离也慢慢地缩小了。 抵抗组织“光明沙漠”的成员卡嘉莉发现了为了去阿拉斯加而在沙漠中前行的大天使号。 第16集 标题：燃える砂尘 非洲沙漠中，大天使号遭到有着“沙漠之虎”称号的安迪·巴尔特菲尔德所率部队的夜袭。基拉驾驶强袭高达出击，但由于不习惯在沙漠中进行战斗而一度陷入了苦战之中。 就在这时，抵抗组织“光明沙漠”向大天使号伸出了援助的手，将巴尔特菲尔德队的MS引入了地雷阵，击退了敌人。 第17集 标题：カガリ再び 依靠抵抗组织“光明沙漠”的帮助，大天使号艰难地打退了巴尔特菲尔德队的猛攻。在与大天使号合流的“光明沙漠”的成员之中，基拉意外地发现了曾在赫利奥波利斯有过一面之缘的少女卡嘉莉。 从“光明沙漠”的领导人塞布那里，玛琉等人得知了联合军的维多利亚基地已经陷落的消息。目前唯一的方案，便是从红海经印度洋、太平洋到达阿拉斯加。然而前进道路上最大的障碍，便是由“沙漠之虎”所率领的ZAFT军。 巴尔特菲尔德队计划对“光明沙漠”实施报复性攻击。另一方面，大天使号上的众人迎来了短暂的休息。正准备对强袭高达进行调整的基拉被卷入了塞和芙蕾的争吵之中，芙蕾并且公然宣布了自己与基拉的关系。面对塞的诘问，基拉爆发了。 这时，巴尔特菲尔德队正式对“光明沙漠”所居住的村庄发动了攻击。 第18集 标题：ペイバック 在事先进行过通告之后，巴尔特菲尔德队以弹药和粮食为目标对“光明沙漠”所居住的村庄发动了攻击。在得知消息赶过去救援的穆及“光明沙漠”成员到达村庄的时候，巴尔特菲尔德队早已扬长而去。 愤怒的“光明沙漠”的成员对巴尔特菲尔德队实行了追击，但由于实力过于悬殊，反使自己陷入了危机之中。基拉驾驶强袭高达赶到，击退了巴尔特菲尔德队。 第19集 标题：宿敌の牙 为了补充匮乏的物资，基拉和卡嘉莉等人潜入了ZAFT军基地所在的巴拉迪亚的市场。两人偶然与“沙漠之虎”安迪·巴尔特菲尔德相见，并卷入激进组织“蓝色波斯菊”对“沙漠之虎”的暗杀行动之中。 由于基拉和卡嘉莉迟迟不归，大天使号被笼罩在不安的气氛当中。格纳库内，塞试图强行启动强袭高达，但他的努力却终告失败。 第20集 标题：おだやかな日に 按照事先的约定，阿斯兰来到拉克丝的家中作客。两人谈到了基拉，阿斯兰得知基拉依旧保留着自己送给他的小鸟，心情郁郁不乐。 在PLANT最高评议会上，稳健派和强硬派对采用继续战争还是共存的不同手段展开了激烈的争吵。 另一方面，大天使号拟订了强行突破“沙漠之虎”部队的作战计划。
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