木薯的茎由节和节间组成,发生于插条腋芽或种子之胚轴,幼嫩时肉质,老化时木质,灌木状,直立,高1~5m,茎径2~4cm,成熟茎圆形,嫩茎五棱形。主茎有顶端分枝和侧分枝,顶分枝也叫生殖分枝,是由于生长退化,顶端侧芽萌生而成,侧分枝由主茎腋芽萌生而成,但多数品种无侧分枝,顶分枝常呈三叉状,但也有二叉和四叉分枝的。分枝部位的高低因品种和环境的不同而异,分枝次数多为2~4次;分枝的长度随着分枝次数的增加而缩短。茎的颜色因品种而异,表皮通常有黄褐色、灰褐色等,内皮多为浅绿色或深绿色。
茎的横切面分为表皮、皮层、木质部、髓部四部分,表皮薄、光滑具有蜡质;皮层厚而质软,呈绿色,含有叶绿素并具有乳管,含有白色乳汁;髓部白色,无横隔膜,海绵状,富含水分。