A、线粒体为半自主细胞器，其内含有的蛋白质部分由细胞核基因控制合成，部分由线粒体DNA中的基因控制合成．故A正确．B、葡萄糖不能进入线粒体，在线粒体中氧化分解的为丙酮酸等．故B错误．C、线粒体中进行需氧呼吸的第三阶段在线粒体内膜，发生电子传递链．故C正确．D、线粒体中进行需氧呼吸的第二阶段在线粒体基质和嵴发生柠檬酸循环．故D正确．故选B．
