明朝内阁制与清朝军机处的设置从本质上说明了什么问题?对中国社会的发展有何影响?

说明了君主专制集权的加强。 影响：
一方面，君主专制的强化，客观上有利于统一的多民族国家的巩固，它在维护国家统一、社会稳定、抵御外来侵略、组织水利工程、发展社会经济、防止分裂割据、加强民族交流等方面起着积极作用。例如：康熙帝先后组织了两次雅克萨之战，打败沙俄军队；清朝对台湾和蒙、疆、藏等地区管理的加强等，都为巩固统一的多民族国家和促进边疆地区的开发作出了贡献。

另一方面明清时期君主专制的加强严重阻碍了中国社会的进步与发展，造成中国社会大大落后于西方国家。

明朝的内阁制真正建立是在明成祖朱棣时期.明宣宗时期形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发。内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。
明朝内阁制在我国政治史上是一次卓著的探索。
影响；提高了新政效率，是军政大权完全集中到皇帝手上，君主专制得到空前强化

明朝的内阁：其实为了剥夺宰相，三公的权利，实际内阁行使宰相的权利。
清朝军机处：君主权利的巅峰。不但夺了宰相的权利，同时夺了三公中太傅的权利，从此军政大权都由皇帝一个人决策，其他都成了执行机构。从本质上说明中央集权的加强

本质上说明了君主集权到达了顶峰。对中国民展资本主义是严重阻碍。