水中的臭氧浓度与杀菌效率直接相关。一般水中的剩余臭氧浓度达到0.3mg/L，水中的细菌繁殖体、真菌繁殖体在数分钟之内即可杀灭，而水溶性病毒的杀灭更为容易。但真菌孢子、藻类孢子需要0.8mg/L方可有效杀灭。剩余臭氧浓度：是指臭氧把水中的有机物、微生物和其它可被氧化的物质氧化后，水中剩余的臭氧浓度。一般认为，在将臭氧加入到水中后，经过10～30分钟测量到的臭氧浓度，即可认为是剩余臭氧浓度。
