甲乙双方进行土地互换，甲方用换来的土地建房，第三方是否可以以甲方建的房遮住他的房为由对甲方进行干涉

法理上可以。实践上是否能有效干涉看情况。
如果建设项目小到只是农村宅基地上造个房子，当然可以投诉和要求政府部门干涉。
如果是大型房地产项目，实现干涉的可能性较低。因为这种项目设计方案必然经过了规划部门的审批，审批过程有一步叫“日照分析”，这是由专业公司在计算机建模分析建筑方案对周边建筑日照的影响，理论上房屋开始施工必然得到了规划部门的批准，此时要干涉不是直接对甲方，而是要求规划部门推翻原来的批准，这难度比较大。当然如果施工是没有得到许可的倒容易了，建管和规划部门本来就应该主动叫停。

另外，干涉指什么? 干涉程度也和能否有效实现有关。
指推翻设计方案？第三方有机会看到设计方案不？

指停止进行中的工程？要求重新设计？或索取赔偿？

理论上第三方随时都可以主张维护自己的权利，但是第三方要证明自己日照权受到了侵害是有点困难的（在规划已经批准的情况下）。日照权受侵害主要是要证明门窗位置（墙不算）被新建筑物遮挡后每天的日照时间少于法规要求的最低限（并不是说只要遮住就算侵害，时间长短，被遮挡的是否门窗位置都有讲究）。当然第三方有知情权，起码可以要求取得日照分析对自家建筑物影响的分析结果。

如果甲方所建的房屋确实遮挡了第三方的采光，第三方是可以对甲方进行干涉的。
建房需要有合法的建房手续，如果没有，则是违法的，土地和建设部门也可以干涉和处罚。