A、流入该生态系统的总能量是绿色植物（生产者）固定的太阳能，A错误；B、该生态系统有部分能量未被利用，储存在该生态系统内，故流入该生态系统的总能量大于流出该生态系统的总能量，B错误；C、第二营养级向第三营养级的能量传递效率为： 12.6 62.8 ×100%≈20%，C正确；D、分解者不占营养级，该生态系统中共有3个营养级，A、B、D错误．故选：C．
