合浦县位于南华准地台的南端，第四系松散沉积层覆盖面占全县面积的67%。出露的老地层以古生界较发育，中生界仅见上白垩统陆相地层，岩浆岩主要有花岗岩和玄武岩。早古生代时期，县境处于坳陷沉积状态。志留纪末期由于广西运动影响，使县境东部形成北东向的线形褶皱构造。晚古生代初，东部升起成陆，之后海水时浸时退。古生代晚期由于东吴运动影响，县境全部升起成陆。中生代及新生代早期，由于印支运动、燕山运动、喜马拉雅运动影响，形成白沙、合浦、南康三个盆地，至新生代晚期各盆地相继隆起，在东部新圩发生基性火山喷溢。至全新世中后期（约距今3000年），形成海陆分布现状。
合浦县北枕丘陵，南滨大海，东、南、西遍布红壤台地，中部斜贯冲积平原。陆地总面积3062.8平方公里，其中海拔554-50米的丘陵占32.3%，海拔50—15米的台地占43.9%，海拔15米以下的平原占23.8%。92.5%的陆地坡度在25。以下。沿海滩涂426.6平方公里，0——10米浅海域795.5平方公里。
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