南沙法院现设有14个内设机构：政工办公室、监察室（纪检组与其合署办公）、办公室、调研科、刑事审判庭、少年审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、知识产权审判庭、执行局（下设执行一庭、执行二庭）、行政审判庭、审判监督庭、立案庭；1个行政直属单位：司法警察大队；4个派出法庭：南沙人民法庭、万顷沙人民法庭、大岗人民法庭、东涌人民法庭；1个事业单位：机关服务中心。
