建筑工程综合验收与竣工验收的主要区别是：综合验收是全面的、最终的，竣工验收是单项的、过程的。
综合验收是指按照有关法律、规章和规范对居住小区规划、设计的执行，各单位工程的竣工验收情况和市政基础设、公共服务配套设施、环境卫生设施以及绿化建设等，进行的整体和全面的验收。综合验收的内容包括：规划要求是否落实，配套建设的基础设施和公共服务设施是否建设完毕，单项工程质量验收手续是否完备，拆迁补偿安置方案是否落实，物业管理是否落实等。综合验收由建设行政主管部门组织实施。由规划、设计、房屋、土地、市政工程、供水、供气、电力、园林、环卫、电信、公安、交通、消防、商业、教育、人防等有关部门共同进行。
竣工验收合格，即每个建设单元工程竣工后，建设方组织五方验收，并取得消防、环保、规划验收合格证和相关资料文件，由建设方提出竣工验收报告，经建设行政主管部门收讫并确认，发给《房屋建筑和市政基础设施竣工验收合格备案证书》。一般情况下一个建设项目会有若干个《竣工验收合格备案证书》，《竣工验收合格备案证书》是建设方取得房屋产权证书的必备文件。
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