我在医院工作，档案学校给办的代理放在沈阳，单位不签三方协议，转正定级协议可以找个非专业单位签订吗

1、按陈述，你应该是民营医院的员工，三方协议可以不签。卫生系列专业技术职称通过全国统一考试的方式取得。只有取得职称才能可以享受相关待遇。你没提到职称考试，应该不是卫生专业技术人员。如果所学专业的职称统考还没开展，你可以通过定职的方式取得专业技术职称。
2、按照国家规定，应届毕业生有两年择业期。在择业期内，毕业生可将档案留在学校或将档案放到人才交流服务中心托管。你已参加工作，择业期也快满了。建议你请求学校将档案转到工作所在地的人才交流中心，办理人事代理，享受托管档案、计算工龄、按期转正（转为正式干部）定级（确定干部职级）定职（认定专业技术职称）等政策优惠。只有在人才交流中心办理转正定级审批，将来应聘到卫生事业单位工作才能得到承认。
3、按国家规定，全日制普通高校毕业生参加工作，见习一年期满经考核合格，可以按时转正定级定职。建议你在人才交流中心补办人事代理手续，签订代理合同的时间从刚毕业时算起，转正定级时间就能从去年算起。你填好转正定级表，让医院在转正定级表上签署意见后交人才交流中心办理审批确认就行了。

只要你正常毕业，并且没有办理暂缓就业手续，不管有没有签订三方协议，学校都会发报到证给你，如果没法，你要去找学校弄清楚是怎么回事。
至于毕业后的档案问题，要看你们那边的流程，一般都是毕业前找到接收单位，拿接收函和三方协议登记报到证信息，毕业后发报到证给你，档案发到报到证上面的地址，如果毕业前没有找到接收单位，那么毕业后档案会打回生源地人事局。
至于转正定级，前提是你毕业前找到接收单位，毕业后档案发到接收单位，你在这家单位工作满一年就可以办理转正定级（由单位办理），如果没有接收单位，也没有办理人事代理，而是打回了生源地，那就要回生源地问清楚是否能办理转正定级。
毕业时不签三方协议的话，要看你怎么处理档案问题了，如果是办了人事代理的话，一年后直接由代理单位办理转正定级就行了，如果是打回生源地的话，就要回生源地问接收单位的意见了。

你应该在沈阳的代理机构办理转正定级
和金州没有关系