增值税进项税超过抵扣期限已认证过怎么办

　　（国税发〔2003〕17号）规定，增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90天内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。”

　　根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、海关进口增值税专用缴款书和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证或申请稽核比对。

　　根据《关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）、《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告 》（国家税务总局公告2011年第50号）的规定，对纳税人发生真实交易但属于第50号公告第二条规定的原因造成增值税扣税凭证逾期的，由纳税人向主管税务机关申请并报送相关资料，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。增值税一般纳税人由于除第50号公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。

　　<国家税务总局公告2011年第50号关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告>
　　为保障纳税人合法权益，经国务院批准，现将2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证未能按照规定期限办理认证或者稽核比对（以下简称逾期）抵扣问题公告如下：
　　一、对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。——只能由国家税务总局审批核准
　　增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
　　本公告所称增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。
　　二、客观原因包括如下类型：
　　（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
　　（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
　　（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
　　（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
　　（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
　　（六）国家税务总局规定的其他情形。
　　三、增值税一般纳税人因客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，可按照本公告附件《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》的规定，申请办理逾期抵扣手续。
　　四、本公告自2011年10月1日起执行。
　　特此公告。

在国税能认证通过证明增值税发票没有超过抵扣期限，超过抵扣期限发票就不能通过认证，目前增值税发票抵扣期限为180天，看看是否在180天内。超过抵扣期限的增值税发票不能进行抵扣，只能全额入帐，不能冲减税金。

超过抵扣期限，还认证。
你跟税务局写个情况说明。
先找专管员沟通。

斜了，居然还能认证