A、光合色素分布在叶绿体的类囊体薄膜上，A错误；B、①线粒体内膜是有氧呼吸第三阶段的场所，具有合成ATP的酶，②叶绿体内膜不有合成ATP的酶，③是叶绿体的类囊体，是光反应产生，具有合成ATP的酶，B错误；C、光合作用合成的三碳糖、磷酸有一部分会运出叶绿体，所以②具有运输三碳糖、磷酸的载体蛋白，C正确；D、①线粒体内膜处，进行有氧呼吸的第三阶段，和前两个阶段产生的氢结合生成水，不能生成的CO2，D错误．故选：C．
