新农合报销都是有起付线的，起付线以外的部分才给予报销，这样做的目的，是为减少挂床住院的问题，所谓挂床住院，即不够住院条件为了新农合报销而住院，比如我们感冒，门诊吃点儿药或挂个吊瓶就可以了，但为了报销，却办了个住院手续，这样不但浪费了新农合资金，也浪费了医疗资源，个人也得不了多大便宜。为了解决这个问题，所以新农合在报销过程中就有“起付线|这项规定。比如乡镇卫生院报销起付线是200元，报销比例80%，你门诊看个感冒才花150元，但你住院看病可能花费就是300元，减去起付线后，你能报销80元，这样，你住院报销过后医疗费还要承担220元，要高于门诊的150元，这样你就不会选择住院，而选择门诊。
各级医疗机构起付线标准是不同的，乡级医疗机构起付线一般为200元，县级500元，市级800—1500元，省级及省外2000—3000元。
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