如果你所谓单独弄的一份协议,如果开发商同意签署,仍然是合意形成的,如果有约定购房合同中的条款与该协议中条款不一致的,这个协议完全可以对抗购房合同中对业主不利的补充条款,问题是,开发商同意签订这个你单独搞的协议吗?如果自己单独偷着盖章了,也有可能会被确认无效的。
如果你和开发商就相关事宜达成一致,不违反法律、法规,则这份协议具有法律效力。