在原生动物门里，根据运动胞器、细胞核以及营养方式可以分成4个纲：（1）鞭毛虫纲。运动胞器是一根或多根鞭毛，例如绿眼虫、衣滴虫。（2）肉足虫纲。运动胞器是伪足，伪足兼有摄食功能，例如大变形虫。（3）孢子虫纲。没有运动胞器，全部营寄生生活，例如间日疟原虫。（4）纤毛虫纲。运动胞器是纤毛，有两种细胞核，即大核和小核，大核与营养有关，小核与生殖有关，例如尾草履虫。
