甲方和乙方一起合伙做生意，租赁合同是乙方签字的，两方另行签订合伙协议，该协议是否具有法律效应？

呵呵，我也非专业人士。以我的理解。如果甲乙双方在签订合伙协议的时候知道租赁合同存在没有异议，租赁合同对甲方也是有效的。（只有这种情况甲方有履行租赁合同的义务，并不得向乙方主张追偿）
如果甲方不知道租赁合同的存在，而租赁合同的租赁物用做乙方合伙的入股，那么租赁合同对甲方无效，租赁合同债权人如果租赁合同成立前不知道合伙存在，只能向乙方主张债权：如果租赁合同债权人在租赁合同订立时知道租赁物用于甲乙合伙，那么债权人可以向甲方要求承担连带责任，甲方可以再向乙方追偿。（甲方承担连带责任的情况下，可以向乙方追偿。）甲方的法人主体地位只能说明甲方的股东对甲方的债务承担有限责任。与本合同无关。

是注册的什么公司？是个体户还是公司，如果是公司那么应该有公司章程的，章程中规定了投资人的入伙比例的，有了章程才能去注册公司的，公司的营业执照上法人代表只写一个人。
你说的合伙协议应该体现到公司章程中，就是股东的投资比例，如果章程中体现了投资比例就没有问题。如果章程中没有体现，那么你们的合伙协议的有效性就要具体看你的合伙协议的内容和公司的具体情况了（公司用于注册的公司章程）。
可以到工商局去查公司的合伙人的情况及合伙比例的。
租赁合同是什么合同？租房的？还是什么别的租赁合同，比如设备租赁啊等等……