如果有抗体，做个western blot判断下，是杂带还是降解片段；
如果是杂带，优先考虑优化你使用的纯化方案，如Ni柱，考虑延长washing buffer的时间和提高咪唑浓度，使用分辨率更好的填料；
还去不掉，考虑用2步或3步纯化，比如用离子交换、凝胶过滤。
个人见解，仅供参考，祝一切愉快！
一般是你的蛋白降解了?再找找减少降解的方法.
