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A老板叫你爸爸和设备科长卖废铁，而且A老板与买方谈好的价钱也仅仅是废铁的价钱。而你爸爸、设备科长、买方三人合谋，把电机掺在废铁中盗出公司，已经构成犯罪，肯定要判刑的。要判多久，就要看实际盗出多少台电机，并且评估这些电机的价值。如果公司报案属实，盗出12台价值十万，则要判三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

《刑法》第二百六十四条 【盗窃罪】盗窃公私财物，数额较大或者多次盗窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产；

《最高人民法院关于审理盗窃案件具体应用法律若干问题的解释》1998年3月10日

第三条 盗窃公私财物“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”的标准如下：
（一）个人盗窃公私财物价值人民币五百元至二千元以上的，为“数额较大”。
（二）个人盗窃公私财物价值人民币五千元至二万元以上的，为“数额巨大”。
（三）个人盗窃公私财物价值人民币三万元至十万元以上的，为“数额特别巨大”。
各省、自治区、直辖市高级人民法院可根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在前款规定的数额幅度内，分别确定本地区执行的“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”的标准。

按照你所说，这很明显是有猫腻的。你父亲如果真的是按照你所说的在做，那么就是有人陷害他。说实话，除非有证据证明是你父亲的老板让你父亲卖这些东西来当作工人工资，否则想要你父亲脱罪有点困难。不过现在你能做的，就是按照楼上所说，先将买方给的钱交到公安机关，然后想办法证明是公司老总的授意下你父亲才这么做的。而且还有一点，找几个工人的代表，最好是再找一个帮忙搬那些废铁的工人一起到公安机关去做解释，说卖掉东西的钱大部分是发给工人做工资了，也就是证明你父亲不存在为个人私利来偷卖公司设备。暂时只能如此

积极退赃！其他的你管不了，因为里面有些内幕你爸爸不会和你说，让他自己处理吧。钱也不多，赶紧退了再说。照你所述：老板让他监管着卖废铁，结果电机都给卖了（不管是好的还是报废的），单单这点你爸爸就失职了，如果再加上有故意行为，比如和设备科长串通一气，那他就是监守自盗，罪加一等！买方给的一万块钱足以说明里面有猫腻！ 买方给了你爸一万块钱，那么他肯定会得到远远多于一万的利益，比如说五万。公安机关在认定盗窃数额的时候会按照六万来定罪，而不是你爸爸收受的一万元量刑！后果很严重！

如所述情况属实，你父亲的行为可能构成盗窃罪，量刑在三年以下有期徒刑。

这个合同上已经签明甲方的50％只能这样了，合同当初也是自己签的。