受京张高铁在北京五环内地下线路设计影响，地上铺设的老京张铁路轨道将停用。自2016年11月1日起，北京北站、清河站暂停办理客运业务，清华园站停止办理客运业务。施工期间，北京市郊铁路S2线市内始发(终到)站由北京北站迁移至黄土店临时过渡站;北京北站原始发(终到)途经京包线、京通线运行的8对旅客列车，由北京北站调整至昌平北站。
