虽然它们都是用草鱼为主料，但辅料和做法很不同。首先，石锅鱼和水煮鱼是不同的菜系，石锅鱼是湘菜，水煮鱼是川菜；其次，剩菜的器皿不同，石锅鱼必须要把鱼放在石锅内烹煎，水煮鱼盛在瓷器或者其他材质器皿都可以；第三，做法不同，所以水煮鱼的汤一般不会有人喝，石锅鱼的汤滑嫩爽口，非常好喝。
