一般分子动力学模拟中都把氢键归到静电相互作用中。
做NEMD的目的都是为了获得一个响应系数（比如电导率，热导率，粘度等等），即对系统施加一个外力A，引起性质B的变化（这时体系处于非平衡态中），求出联系A和B的响应系数C。NEMD的目的就是施加这个扰动A，然后计算体系性质B的变化，从而求出这个响应系数C。
但是，在统计物理中，线性响应系数的获得可以通过线性响应(linear response）这个近似来获得，具体的推导可以在一些涉及非平衡态统计物理的教材中找到。linear response得到的最重要的结论之一就是Green-Kubo relation，它是把这些响应系数写成时间关联函数积分的形式，这些时间关联函数对应的都是平衡态的性质，可以通过平衡态的模拟求得。
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