A、原子也可以分为原子核和核外电子，故A错误；B、分子和原子都具有不断运动、体积和质量很小、微粒之间有间隔的特点，故B正确；C、有的物质的原子大于有的物质的分子，有的物质的分子大于有的物质的原子，所以分子和原子不能比较大小，故C错；D、分子和原子都具有不断运动、体积和质量很小、微粒之间有间隔的特点，故D错．故选B．
