喀什海关始建于1944年5月，时称“喀什分关”，由国民政府海关总税务司署设立。新中国成立后，1950年6月，设喀什分关，隶属乌鲁木齐海关；1985年升格为正处级海关；2006年7月，经国务院批准，喀什海关为副厅（局）级海关。
