A、地理隔离不一定会导致生殖隔离，A错误；B、种群基因频率改变意味着生物进化了，但不一定产生新的物种，新物种的产生必须要经过生殖隔离，B错误；C、突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，C错误；D、不同物种之间、生物与环境之间通过共同进化导致生物多样性，D正确．故选：D．
