呼伦贝尔市现辖13个旗市区。其中有1个区 ：海拉尔区； 5个市：满洲里市、扎兰屯市、牙克石市、根河市、额尔古纳市； 7个旗：阿荣旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗、鄂温克自治旗、新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗、陈巴尔虎旗。 74个镇（含两个矿区）、23个乡（其中13个民族乡）、25个苏木（其中一个民族苏木）、36个街道办事处。呼伦贝尔市人民政府驻海拉尔区。
