A、某有机物在空气中燃烧只生成CO2和H2O，则该有机物一定含有碳、氢元素，不一定含有氧元素，如甲烷燃烧，故错误
B、由题意，一定条件下，二氧化硫与氧气的反应为：2SO2+O2═2SO3，显然分子个数不等，故错误；
C、设12gC完全燃烧消耗氧气的质量为x，生成CO2的质量为y，
C+O2
CO2
点燃
12 32 44
12 x y
=12 32
12 x
=12 44
12 y
解得：x=32g，y=44g，
因此在点燃条件下，12g碳与40g氧气完全反应生成44gCO2，氧气有剩余，故错误；
D、根据质量守恒定律的内容，白磷在密闭的锥形瓶中燃烧，反应前后物质总质量不变，符合质量守恒定律，故正确；
故选D．
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