A、生物实验的原则之一是对照原则，所以本实验还应设置一个气球中加入等量煮沸过的酵母菌培养液的相同装置作为对照，A正确；
B、若酵母菌同时进行有氧呼吸和无氧呼吸，则理论上同样会使液面上升，B错误；
C、该装置是置于20℃的恒温水浴中进行实验，如果设置不同温度，通过观察单位时间内液面变化，也可以用来“探究母菌进行无氧呼吸的最适温度”，C正确；
D、在实验中要遵循单一变量原则，控制无关变量，所以恒温水浴可以避免环境温度变化对液面变化的影响，D正确．
故选B．
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