想多了，TNT的爆炸并不是质量转化为能量的过程，而是化学键的断裂产生的能量，该过程还是要遵循质量守恒的。质能方程计算的是物质的损耗产生的能量，例如一个理想中的物质:反物质。利用反物质产生的能量属于湮灭的过程，该过程则是物质转化为能量，并不会产生其它物质，这时能用质能方程计算。（核武器释放能量的过程中好像也是有物质转化为能量的。具体情况我也不怎么了解，有兴趣的话自己可以去查一下。）
