摩亨佐达罗和哈拉帕是该文明的两座典型城址,都已具备较大规模。摩亨佐达罗城址位于巴基斯坦信德邦拉尔卡纳,哈拉帕城址位于印度旁遮普邦拉维河左岸。两城面积均约2.5平方千米,人口估计各为3~4万,可能是两个独立国家的都城或城邦联盟中心。摩亨佐达罗城市规划整齐,西部为统治者居住的卫城,东部为下城居民区。卫城有城墙和濠沟环绕,北半部中央建大浴池,并有良好的供水排水系统。浴池可能是祭祀前沐浴的宗教礼仪建筑。池西有规模宏大的谷仓,池东池北可能为最高统治者的宅第。卫城南部有会堂和寺庙建筑群。下城内街道整齐,房屋用烧砖砌成。哈拉帕城址也由西部的卫城和东部的下城组成,卫城北面有6座谷仓和若干冶炼炉,还有可容数百雇工的住房,卫城南部为墓地。