1)07年离婚协议书中明确约定房子归儿子所有,儿子已取得该房产所有权;
2)08年三人协商重新分配房产,转让1/3给母亲(你所谓的转让是指买卖?赠与?无偿让与?),这要看具体情况和协议书的内容。不过不管什么情况都不影响协议书的效力,只对母亲获得房子的产权还是对儿子的债权等有关;
3)证明协议书的效力很简单,看内容是否合符法律要求,有无违反相关强制性规定,是否为当事人的真实意思表示等等
你的问题说的不够详细(很多细节会导致不同的法律关系),你主要的问题应该不是在这个协议书的效力上,而是如何实现母亲对1/3的房产或阻却母亲实现那1/3房产吧
希望对你有帮助
只要不是违反现行的法律,自愿并且都有完全的行为能力,达成的协议即有效。
你最好公证一下,由司法机构给确认一下,只是要交费。